Desde un punto de vista genético y según un análisis comparativo de las muestras de los mapas genéticos, las líneas del perro y del lobo se separarían hace alrededor de 100.000 años.

De todas maneras esta divergencia puede corresponder a la de una población de lobos de la que más tarde saliera la línea de perros actual. El análisis de ADN mitocondrial no puede probar que los perros existieran más allá de hace 100.000 años.

Por otra parte, el fósil más antiguo conocido de un perro doméstico fue encontrado en 2008 en las cuevas de Goyet, en Bélgica. Éstos datan de hace 31.700 años y están asociados a la cultura auriñaciense.

Se cree que las primeras domesticaciones no se dieron por voluntad del hombre. Éstos eran incapaces de impedir que los lobos entraran en sus aldeas. A raíz de ello fueron percatándose de lo útiles que eran para la caza o para defender la aldea. Además eran animales que se sociabilizaban con facilidad, ya que era una especie que convivía en grupos jerarquizados, con lo se adaptaron bien a vivir junto a los humanos.

El hombre fue percibiendo la sensibilidad que tenían estos animales tanto olfativa como auditivamente y la resistencia física que presentaban. Todas estas características los hacían ideales para la caza, la guarda o incluso para advertir de posibles peligros.

Y con estas primeras domesticaciones, el perro poco a poco se fue convirtiendo en un gran aliado para el ser humano. Se ha comprobado por ejemplo como en la época preincaica los perros ya ayudaban a la tribu de los mochicas en la caza.

Mucho antes de la domesticación del caballo, los perros también eran utilizados para tirar de carros o de trineos. Esta costumbre la utilizaban los indios de América del Norte mucho antes de la llegada de los conquistadores. Aunque algo más reciente es el uso de los perros por los colonos canadienses como animal de tiro. Enganchados a un carro, éstos acompañaban a los campesinos llevando los cultivos.

La domesticación y la aparición de las primeras especies se llevó a cabo en diferentes periodos según los continentes. La primera especie en convertirse compañera de los humanos fue la Canis familiaris Putjani, seguida de la Canis familiaris palustris Rüthimeyer, llamado de las turberas, del cual se cree que desciende el Spitz. Igualmente encontramos el perro de Canaan.

Por último también encontramos al Basenji (originario de África Central). Encontramos representaciones de estos perros en tumbas egipcias pero contrariamente a sus primos que hemos citado, éstos no descienden del lobo, sino del chacal. Estos animales poseen la particularidad de no ladrar, aunque emiten sonidos especiales que son mezclas de risas ahogadas y cantos con cambios repentinos del tono natural.